La ex número uno británica tenía previsto jugar contra la estadounidense Robin Montgomery en el evento del martes, pero tuvo que retirarse debido a un "dolor en la espalda".
La campeona del US Open de 22 años volará ahora a Melbourne para prepararse para el Abierto de Australia, que comienza el 12 de enero.
Le dijo a la WTA: "He hecho todo lo posible para estar lista. Amo Auckland y a los fans de aquí. Pero, desafortunadamente, me he vuelto a poner nerviosa y no estaré lista a tiempo".
La temporada pasada, Emma se perdió el Abierto de Miami de marzo por un problema de espalda, además de participar solo en 10 partidos después de su aparición en Wimbledon.
También se retiró de varios torneos asiáticos después de sufrir una lesión en el pie durante un partido de cuartos de final del Abierto de Corea en septiembre.
Emma, que ha estado en Auckland con el entrenador físico Yutaka Nakamura, está lista para participar en el primer Grand Slam de la temporada el próximo año sin ninguna práctica.
La estrella nacida en Toronto admitió anteriormente que prioriza su salud sobre los resultados.
Dijo en una entrevista con HSBC: "Estoy más agradecida por mi salud que por los resultados".
